Los visitantes podrán encontrar seis espacios principales en su interior, también conocidas como líneas o programas:

Estación Piscicola: cuenta con un laboratorio para reproducción inducida de especies reofílicas nativas y 16 estanques en tierra para el levante de larvas y mantenimiento de padrotes.

Jardín Botánico: creado con el propósito de conocer, conservar y divulgar todas las especies que tienen una utilidad en la medicina tradicional y que han sido utilizadas por nuestras comunidades indígenas y campesinas.

El CREAS: un encierro de aproximadamente un cuarto de hectárea en el cual se mantienen especies (mamíferos grandes y reptiles principalmente) que han sido decomisadas o donadas por sus captores y que ya no pueden ser liberadas a su medio por el alto grado de amansamiento al que han sido sometidas. También cuenta con una instalación para la recepción, valoración médica y cuarentena de especímenes recién capturados y un encierro pequeño (de aves, monos o felinos).

Estación de Recursos Hidrobiológicos: dedicada a la Investigación y trasmisión de tecnologías en especie ícticas, es decir, de especies de peces presentes en un lugar.

Vivero: es un área destinada a la propagación de material vegetal y cuenta con eras para germinación de semillas y prendimiento de esquejes, caseta de embolsado y trasplante a bolsa y patios de crecimiento con polisombra.

Estación Suruma: un espacio pensado para promover el arraigo cultural y el sentido de pertenecía hacia la región. Aquí se puede encontrar fauna emblemática del sur de la amazonia que ya no han podido ser liberada.